Če so vse to grški vojaki mirno prenesli, pa jih je naravnost v srce zadel razglas v Opidi, v katerem je Aleksander odpustil in poslal domov 10.000 veteranov. Vojaki so bili ogorčeni, počutili so se izdane, zaradi česar so se glasno uprli. Aleksander jih iz jeze ni hotel sprejeti, čeprav so jokajoč postopali okoli njegovega šotora. Po treh dneh jih je s solzami v očeh sprejel, jim razložil, zakaj jih odpošilja, jih bogato obdaroval ter nato poslal domov.
Poleti 324 pr. n. št. je iz Opide odpotoval v Ekbatano, da bi uredil zadeve v Mediji. Tukaj je umrl njegov vedno zvesti prijatelj Hefajstion. Aleksandra je popadla neizmerna žalost: v znak žalovanja je dal vsem konjem pristriči grive, v taboru je prepovedal vsakršno godbo, nesrečnega zdravnika pa je dal križati. Da bi omilil svojo žalost, je krenil na vojni pohod nad nepokorne Kosajce v Luristanu in dal poklati vse za orožje sposobne moške. Ta vojni pohod je dobil ime darovanje za umrlega Hefajstiona. Postaviti mu je dal tudi nagrobnik, vreden 10.000 talentov.
Spomladi 323 pr. n. št. se je iz Ekbatane odpravil v Babilon, kjer se je posvetil državniškim poslom. Vsem državam Helenske zveze je izdal odlok, v katerem je zahteval, da se lahko vrnejo vsi politični begunci, ki so zapustili grške države v zadnjih dvanajstih letih, pri čemer jim mora biti vrnjeno njihovo imetje. Po tem odloku naj bi se vrnilo domov več kot 100.000 beguncev. Odlok je bil v nasprotju z določili Korintske pogodbe in je posegel v avtonomijo grških državic, sam Aleksander pa je z njim le še potrdil svoje despotske težnje in moč svetovnega vladarja. Zaradi tega je v grških državicah narasla mržnja do Makedoncev in začeli so se nemiri.
Aleksander se za nemire v Grčiji ni zmenil, saj sta mu Grčija in Makedonija pomenili le toliko, kolikor sta prispevali mladih moških, da jih je lahko poročal s Perzijkami. Aleksander se je tudi zavedal, da središče imperija ne more biti nobena pokrajina, temveč da mu lahko vlada le vladar.