Pomladi 333 pr. n. št. je Aleksander odpotoval iz Gordija proti jugu, z namenom da osvoji vsa nasprotnikova pomorska oporišča. Aleksander je krenil s svojo vojsko v Kilikijo, nasproti pa mu je prišel sam Veliki kralj - Darej III. s svojo vojsko. Darejeva vojska je štela približno toliko vojakov kot Aleksandrova, vendar nekateri viri navajajo, da naj bi imel Darej na razpolago od 300.000 do 600.000 mož, vendar pa je ta številka pretirana - vanjo so najbrž všteti tudi spremljevalci vojakov in družine vojakov.

Vojski sta se srečali v začetku novembra 333 pr. n. št. pri Isu, ravnini med morjem in gorami, katero prečka reka Pinar, in sicer Makedonci na južnem bregu, Perzijci pa na severnem. Z napadom je začel Aleksander, ko je z desnim krilom prečkal Pinar in napadel nasprotnikovo krilo. Nekoliko kasneje je Darej napadel s svojim desnim krilom levo krilo makedonske vojske. Čeprav sta oba nasprotnika imela možnost napasti bok, pa je to storil le Aleksander na desnem krilu, s čimer se je začela premoč Makedoncev. Darej se je zbal poraza in je pobegnil z bojišča. Na bojišču je pustil znamenja oblasti: kraljevski plašč, lok in bojni voz.

Po končanem boju naj bi na bojišču obležalo kar 110.000 žrtev, večina seveda iz spremstva vojske. Aleksandrovi vojaki so ujeli Darejevo mater, ženo in dve še neporočeni hčeri. Čeprav so bile ujetnice zelo lepe in kakor jim je Aleksander v šali dejal - muka za oči, se jih nihče ni smel niti dotakniti. Živele so v posebnem, udobnem šotoru, vstran od vojaškega vrveža, z njimi pa so ravnali po kraljevsko. Makedonci so zasegli tudi velike količine zakladov.