Polarna kovalentna vez nastane pri spajanju dveh atomov z različno elektronegativnostjo. To pomeni, da se povežeta dva različna atoma. Vezni elektronski par je bližje jedru bolj elektronegativnega atoma, ker ta bolj privlači par.

Bolj elektronegativni atom ima zato prebitek negativnega naboja, na drugem delu molekule pa se pojavi primanjkljaj negativnega naboja oziroma prebitek pozitivnega naboja. V molekuli nastane pol, zato pravimo, da je molekula polarna.

Polarne molekule se povežejo med seboj z orientacijskimi vezmi. Polarne in nepolarne molekule pa se med seboj povezujejo z indukcijskimi vezmi.

Poglej si primer polarne molekule amoniaka in vode.