S tem je kasnejši Pomorski muzej "Sergej Mašera", oziroma njegova knjižnica, prišla do zelo bogate knjižne osnove, katere začetki po nekaterih dokumentih segajo že v 17. stol. V tem času naj bi "Accademia degli Intricati" v Piranu ustanovila majhno ljudsko knjižnico. Pomen le-te nakazuje dejstvo, da je "Accademia" l. 1770 po ukazu doža spremenila ime v "Accademia Agraria e Biblioteca".
L. 1818 je nadzor nad knjižnico prevzel direktor piranskih šol in vse do srede 19. stol., ko je takratni podestá izdal odlok o ureditvi načrta za razvoj mestne knjižnice, je ta stagnirala. Od takrat dalje pa se je mestna knjižnica zopet razvijala dokaj uspešno. Zanjo je skrbela piranska občina in za nakup novih knjig redno nakazovala določeno vsoto denarja. Knjižnica je poslej imela nameščenega tudi bibliotekarja.
V času do ustanovitve muzeja se je knjižnica združila z arhivom, obe ustanovi pa sta se še večkrat selili. L. 1955 je Občinski ljudski odbor Piran ustanovil samostojen Mestni arhiv, knjižnica pa je ostala v sklopu muzeja.
Muzejska knjižnica je urejena v tri ločene zbirke. Posebej so obravnavane knjige, ki so pripadale fondu nekdanje "Biblioteche Civiche" in knjige pridobljene za muzejsko knjižnico.
Tematika knjig, ki jih hranimo v zbirki "Biblioteca Civica" je zelo različna, med njimi pa je kar nekaj dragocenih primerkov. Precej knjig je zelo starih - še iz 16. stol. (leto izida najstarejše je 1501). Od zanimivejših omenimo le obsežno, tematsko rezdeljeno Diderojevo enciklopedijo iz druge polovice 18. stol. in seveda edini v celoti ohranjen primerek atlasa iz l. 1526, katerega avtor je Izolan Pietro Coppo.
Drugo zbirko muzejske knjižnice smo poimenovali "Istrica". To so knjige ločene iz fonda "Biblioteche Civiche", ki se s svojo temo, avtorjem ali krajem izida nanašajo na Istro. Prav ta del muzejskega knjižničnega fonda je še zlasti pomemben za vse, ki se na tak ali drugačen način posvečajo preučevanju zgodovine Istre.
Vsebino tretje zbirke označuje že ime "strokovna knjižnica". Odkar knjižnica deluje v sklopu Muzeja, poteka nabava knjig v skladu z njegovo usmeritvijo. Tako največji del knjig, pridobljenih v novejšem času, obravnava pomorstvo in zgodovino pomorstva, solinarstvo, ribištvo in podvodno arheologijo. Pač teme, ki jih delavci muzeja obdelujejo pri svojem strokovnem delu. Precej del pa ima splošnejšo, a še vedno muzejsko usmerjeno vsebino: domoznanstvo, muzeologija, etnologija, umetnost, zgodovina in arheologija.
V vseh treh zbirkah muzejske knjižnice je danes strokovno obdelanih okrog 7500 enot, na obdelavo pa čaka še okrog 5000 enot, ki večinoma pripadajo fondu stare piranske Mestne knjižnice.
Muzejska knjižnica vzdržuje abecedno imenski katalog ter UDK katalog. Poleg tega sta kataloga za fonda "Biblioteca Civica" in "Istrica" ločena, tako da je olajšano iskanje knjig po posameznih zbirkah.
Od konca leta 1997 je knjižnica Pomorskega muzeja aktivni član sistema COBISS in do knjižničnega kataloga lahko dostopate tudi preko interneta.
Knjige muzejske knjižnice so urejene v prostem pristopu. Knjižnica ima na voljo dva čitalniška prostora. Knjige iz zbirke strokovne knjižnice so na voljo tudi za izposojo na dom, medtem ko je za ostale to mogoče le s posebnim privoljenjem ravnatelja muzeja.
Knjižnica je odprta vsak delavnik od 9h do 13h. Vaše želje in vprašanja bo tudi preko elektronske pošte sprejel bibliotekar Peter Čerče.