Microsoft je konec sedemdesetih postavil standard za programski jezik BASIC, z operacijskimi sistemi pa se ni ukvarjal. V podjetju so hitro spoznali potencial novega IBMovega računalnika, zato so od podjetja Seattle Computer Products, ki je razvijalo operacijski sistem QDOS za svoje računalnike s procesorjem 8086, odkupili pravice za QDOS. Microsoft je kodo malo obdelal in sistem ponudil IBMu pod imenom MS-DOS. Operacijski sistem je bil po načinu delovanja zelo podoben CP/Mu, tako da je bil prenos osembitnih programov, pisanih za CP/M v MS-DOS, dokaj preprosto opravilo. Z razmahom IBMovih PCjev in z njim združljivih računalnikov je MS-DOS postal standardni operacijski sistem za osebne računalnike.

Konec osemdesetih in v devetdesetih letih so operacijske sisteme z ukazno vrstico izrinili sistemi z grafičnim uporabniškim vmesnikom. Najprej so bili na voljo le kot nadgradnja že obstoječih operacijskih sistemov, kmalu pa so jih povsem nadomestili. Trend je začel Apple s predstavitvijo sistema MacOS, temu pa so hitro sledili drugi izdelovalci (IBM OS/2, Microsoft Windows, Linux...) in tako položili temelje za operacijske sisteme, ki jih uporabljamo še danes.