Po končani gimnaziji se je vpisal na Vojnopomorsko akademijo v Dubrovniku in tako uresničil svoje mladostne sanje, da bi postal pomorščak. Zanimanje za vojaške šole, predvsem za mornarico, je bilo med slovenskimi mladeniči takrat veliko. Akademijo je uspešno končal leta 1932 kot peti v klasi.
Oficirsko kariero je po končanem šolanju začel kot poročnik korvete. Nameščen je bil, kot večina začetnikov, na dokaj zastareli torpedovki, ki ni nudila dobrih pogojev za normalno delo in življenje. Kasneje je nekaj časa plul na ladji Sitnica. Privlačilo ga je topništvo, zato se je želel specializirati prav v tej stroki. Opravil je topniški tečaj v Kumboru v Boki Kotorski. Po opravljenem tečaju je bil premeščen v Komando vojne mornarice v Zemun, kjer se je pripravljal na izpit za višji čin poročnika bojne ladje. Kot strokovnjaka za ladijske topove ga je njegova komanda poslala na Švedsko, kjer naj bi prevzel oborožitev za novo pridobljeni rušilec Beograd. Na tem rušilcu je nato tudi plul. Tik pred začetkom druge svetovne vojne je bil kot topniški častnik premeščen na rušilec Zagreb. Na njem je tudi dočakal začetek aprilske vojne.
Ob pričetku druge svetovne vojne na jugoslovanskih tleh se je rušilec Zagreb nahajal v Boki Kotorski, največji in najpomembnejši pomorski bazi mornarice Kraljevine Jugoslavije. V teh dneh sta bila tam še rušilca Beograd in Dubrovnik. Med posadkami na ladjah je vladal nered, saj o poteku vojne niso imeli dovolj objektivnih informacij. Topničarji na rušilcu Zagreb so bili v stalni pripravljenosti, saj so bile možnosti sovražnih letalskih napadov velike, želja po obrambi pa tudi. Po objavi kapitulacije jugoslovanske vojske, je posadka rušilca Zagreb na ukaz kapitana zapustila ladjo. Na njej sta ostala le poročnika bojne ladje, nekdaj sošolca VII. klase Vojnopomorske akademije, Sergej Mašera in Milan Spasić. Da ladja po kapitulaciji jugoslovanske vojske ne bi prišla v roke italijanskih napadalcev, sta jo 17. 4. 1941 razstrelila. Oba častnika sta ostala na ladji in se skupaj z njo potopila. Leta 1973 sta bila razglašena za narodna heroja. Pomorski muzej v Piranu pa od leta 1967 nosi ime po Sergeju Mašeri.