V šestdesetih  letih je bilo na področju Starega Vodmata, tako kot še marsikje v Ljubljani, veliko pomanjkanje organiziranega varstva predšolskih otrok. Zato so leta 1963 krajani pod okrilje pravkar zgrajene osnovne šole organizirali varstvo predšolskih otrok kar v bližnjih stanovanjskih blokih.

Prva namensko zgrajena stavba za vrtec je svoja vrata odprla marca leta 1968 in dobila ime Vrtec Vodmat.  Po dveh letih se je prvi stavbi pridružila še druga  in leta 1979  še prizidek k drugi stavbi.

Leta 1979 je nastal tudi logotip Vrtca Vodmat, deček in deklica v rdečih in rumenih oblačilih, ki ga je oblikovala mama varovanca vrtca ga. Zala Dobnikar.

Logotip je Vrtec Vodmat ponesel s seboj v združitev vrtcev nekdanje občine Center, sam je postal enota Vrtca Ljubljana Center, logotip pa je postal uradni znak novega vrtca.

Vrtcu Ljubljana Center se je v devetdesetih letih priključil tudi Vrtec Klinični center, ki je do takrat deloval v okviru bolnišnic, zgrajen pa je bil leta 1974 za potrebe delavcev Kliničnega centra.

Vrtec Ljubljana Center se je po dvajsetih letih razdružil v štiri samostojne vrtce in enota Vodmat in enota Klinični center sta postali enoti Vrtca Vodmat. Logotip vrtca se je znova vrnil v vrtec, za katerega je nastal. Vrtec Vodmat  nosi  tudi pravno nasledstvo Vrtca Ljubljana Center.