Najstarejša poselitev koprskega otoka sega v rimsko republikansko obdobje. Novejše arheološke najdbe iz 3. - 1. stoletja pr. n. št. segajo v čas, ko je bila v pisanih virih na širšem koprskem območju omenjena antična naselbina Aegida. Proti koncu rimskega cesarstva je bila na otoku večja naselbina, v poznoantičnem obdobju pa ena izmed postojank obrambnega sistema Claustre Alpium Iuliarum. V času preseljevanja narodov se je romansko in poromanjeno okoliško prebivalstvo zateklo v otoško naselje. Ko so severno Istro sredi 6. stol. zasedli Bizantinci, so Capris dobro utrdili in ga preimenovali v Iustinopolis (po cesarju Justinu II.). Varna otoška lega ob poteh proti Gradežu, tedaj pomembnemu središču ob severni jadranski obali, je mestu omogočila nagel razcvet. V 8. stol. se je v zaledje istrskih mest naseljevalo slovansko prebivalstvo, ki se je v postopno pomaknilo do obalnih mest. Koper se je 932 povezal z Benečani. Ti so skrbeli za varnejšo plovbo, s pogodbami pa so si počasi podrejali mesto. Kasneje so mestu do 1208 gospodovali istrski mejni grofje in za njimi oglejski patriarhi. Ti so Koper izbrali za sedež svojih fevdalnih posesti v Istri in ga poimenovali Caput Histriae (glava Istre), ki so ga kasneje poitalijanili v Capo d`Istria. V času vladavine oglejskih patriarhov se je mesto vztrajno borilo za privilegije in obdržalo lastne statute, ki so omejevali oglejsko oblast. Mestu so patriarhi podelili oblast nad naselji v zaledju severne Istre. Po daljšem obdobju samostojnosti je Koper skupaj z drugimi Istrskimi mesti 1279 prešel pod Benečane. V 15. stoletju je dobil privilegiran položaj na gospodarskem in upravnem področju. Na prelomu iz 14. v 15. stoletje so v Kopru ustanavljali menjalnice, banke in obrtne delavnice. V robne dele mesta se je preseljevalo čedalje več Slovencev, ki so se predvsem ukvarjali z solinarstvom, ribištvom in kmetijstvom. V času beneške vladavine je mesto na trgovskem področju uspešno tekmovalo z bližnjim Trstom, saj je imelo zaradi lege na otoku in utrjenih zidov ugoden obrambni položaj. V 15.stoletju je Koper dobil sodišče za civilne in kazenske zadeve ter nekaj drugih upravnih funkcij za naselja v zaledju severne Istre. Turški vpadi ob koncu 15. in 16. stoletja so bili prek Istre in Krasa usmerjeni v Beneško republiko, zato Kopra niso ogrozili, pač pa je bilo močno opustošeno njegovo podeželsko zaledje. V času spopadov med Benečani in Avstrijo (1915-17) je trgovina z zaledjem, predvsem s Kranjsko, upadla. Mesto je 1630/31 prizadela kuga, med katero je število prebivalstva zmanjšalo z 8000 na 1800. Počasi si je ob trgovini s soljo, s prodajo olja in vina opomogla. Šele sredi 17. stoletja so ponovno našteli 4500 prebivalcev. Pomembna gospodarska moč Kopra je trajala vse do 1719, ko sta bila Trst in Reka proglašena za svobodni pristanišči. Pomembno pomorsko in trgovsko vlogo je Koper izgubil s propadom beneške republike (1797) ter z dograditvijo železnice Dunaj-Trst (1857). Glavno trgovsko, pomorsko, postopno tudi industrijsko središče avstro-ogrske monarhije je postal Trst, Koper pa z agrarno okolico vedno bolj njegovo zaledje za oskrbo s kmetijskimi pridelki. Meščani, predvsem Italijani, so živeli od solinarstva, ribištva in lokalnega ladjedelništva, ljudje v okolici, pretežno Slovenci, od poljedelstva in živinoreje. Po 1819 se je začelo dokončno rušenje mestnega obzidja, 1827 je bil zgrajen kilometer dolg nasip s cesto od starega pristanišča do Semedele. Otok so s kopnim povezali v 19. stoletju. Tedaj so na plitvinah okoli mesta uredili soline, vendar so jih v 20. stoletju opustili, zemljišče izsušili in ga namenili kmetijstvu. Po koncu 2. svetovne vojne se je v letih 1945-54 iz Kopra izselila v Italijo večina avtohtonega prebivalstva.

Po podpisu Londonskega memoranduma 1954 je postal Koper pomembno gospodarsko in politično središče slovenske obale, kar je povzročilo hiter razvoj. Leta 1957 so začeli vzhodno od starega mesta graditi novo pristanišče. Poglobili so plitvo morje Škocjanskega zatoka, izkopano gradivo so uporabili za nasipanje plitvin ob obali. S tem so pridobili dovolj ravnih površin za pristaniške objekte. Luka se je začela pospešeno razvijati po 1967, ko so zgradili 31 km dolg železniški priključek Koper-Prešnica, ki je povezoval Koper s slovenskimi in srednjeevropskim zaledjem. Velik del prometa predstavlja tranzitno blago za srednjo Evropo. Pristanišče je usposobljeno za pretovarjanje različnih vrst blaga za kontejnerski in RO-RO (roll on-roll off) promet, generalno blago, razsuti tovor (žito, rude), tekočine, les in sadje. Po 1957 se je spremenila nacionalna in socialna struktura prebivalstva, saj se je v mesto priseljevalo prebivalstvo iz slovenskega in jugoslovanskega zaledja. Vzporedno z gospodarsko rastjo so se razvili šolstvo, zdravstvo in kultura. Pomembno je bilo načelo dvojezičnosti in vključevanje pripadnikov italijanske narodnosti v vse oblike javnega življenja. Kulturne ustanove, ki preraščajo krajevni pomen, so:bogata študijska knjižnica, Pokrajinski muzej (od1911), radijska in televizijska postaja. Poleg slovenskih osnovnih in srednjih šol sta v mestu tudi italijanska osnovna šola in gimnazija. Obsežen luški kompleks, novo poslovno središče in nove primestne stanovanjske četrti (Semedela, Žusterna, Šalara) so močno spremenili podobo mesta. Zgodovinsko mestno jedro z vrsto pomembnih kulturnih spomenikov pa je ohranilo osnovne značilnosti srednjega veka.